De heffing geldt op autosnelwegen, ringwegen en enkele belangrijkere hoofdwegen. Als zou worden vastgesteld dat het verkeer op niet-tolplichtige wegen wezenlijk toeneemt, kunnen Vlaanderen of Wallonië deze wegen in het tolplichtig netwerk opnemen.
In Vlaanderen zijn er ook enkele wegen die expliciet uitgezonderd zijn van de kilometerheffing. Deze zijn voornamelijk gesitueerd op routes van en naar de havens:
- N31 tussen de haven van Zeebrugge en Lissewege
- N49/E34 tussen Westkapelle en Zelzate
- R2 met uitzondering van de Liefkenshoektunnel
- een deel van de R4 ten oosten van Gent
- meer algemeen de wegen op het grondgebied van de havens zelf.